Manaphy peut Méga-Évoluer grâce à la Manaphyte. Quand il parvient à ce stade, il est en mesure d'utiliser d'autres attaques que celles qu'il possède sous sa forme normale.
- Poing Eau : Un poing puissant contenant une quantité d'eau qui a un effet puissant lorsque l'attaque n'échoue pas.
Puissance 100
Précision : 100
- Hydrocanon : Un jet d'eau dévastateur qui cause beaucoup de dégâts.
Puissance : 120
Précision : 90
- Pouvoir Abyssal : Cette attaque permet au lanceur de "noyer" son adversaire en le mettant KO dès qu'il est touché.
Puissance : 140
Précision : 70
- Rage d'eau : Manaphy libère toute sa puissance grâce à cette attaque dévastatrice. Elle lui permet également d'augmenter toutes ses stats d'un niveau entier.
Puissance : 150
Précision : 120